Институт находится в южной части Жепинской Пущи, в местности Скужин, гмина Машево, Кросненский повят, Любусское воеводство. Институт расположен в привлекательной , с точки  зрения окружающей природы и физико-географических свойств, местности – в Любусском Поозерье. Эта часть Любусского Поозерья называется Тожимская Равнина, она включает в себя обширные песчано-зандровые равнины, разделенные руслами рек Плишки, Грыжинки и Илянки. Подробные исследования подтвердили ок. 10 уровней зандровых. Тожимская Равнина находится на высоте 60-100 м над уровнем моря, относительная ее высота в среднем составляет 20-50 м.  На зандровых песках образовались бедные подзолистые почвы, что явно выражено в большой лесистости этой территории. На расстоянии чуть более десяти километров от Института находится Кшешинский Ландшафтный Парк, главной задачей которого является охрана лугов над р. Одрой, на которых обитает ок. 155 видов водно-болотных птиц, а также множество разновидностей земноводных, млекопитающих, растений, некоторые из них занесены в Красную Книгу -  бобр европейский и малая вечерница. Другой близлежащий парк – Грыжинский Ландшафтный Парк, в котором под защитой находится живописное постледниковое русло реки Грыжинки, незначительно измененное хозяйственной деятельностью человека. Кроме участков постледниковых русл рек и смешанных лесо, в непосредственной близости от Института находятся любопытные торфяники, водно-болотные угодья и сеть прудов и ручьев. Это является причиной исключительного разнообразия животного и растительного мира. Здесь обитает орлан-белохвост, красный и черный коршун, черный аист, журавль, жерлянка, древесная лягушка, болотная черепаха, бобр, выдра, кроме того, большое количество диких кабанов, оленей и косуль.

Здание Института находится на расстоянии ок. 1 км от местности Скужин в направлении Будахова. Выезжая из Зеленой Гуры, Сулехова или Губина, необходимо выехать на трассу №29, проходящую через г.Кросно Оджаньске в сторону Слубиц. После пересечения реки Одра (следуя из Зеленой Гуры и Губина)на расстоянии ок. 10 км находится дорожный знак поворота вправо к Скужину. На расстоянии 3 км от съезда с трассы находится местность Скужин, а километром дальше, за этой местностью в сторону Будахова,   расположенИнститут Прикладной Экологии.